Auf jeden Fall sollten alle sauber gemacht werden. Immer vorsichtig öffnen, da kann auch mal ein Bilch drinnen wohnen, dann schnell wieder schließen.
Klar kannst Du noch mehr bauen. Wo das Problem jetzt lag, ist schwer zu sagen. Meisen können auch im Sperlingkasten brüten. Wenn Du noch mehr Häuschen aufhängst, kann es sein, dass mit etwas Glück auch mal eine später aus dem Winterquartier zurück kehrende Art, wie z. B. Trauerschnäpper in einem der dann noch freien Häuschen hast.