Das Delta hat Norbert Schäffer in Erinnerung als eine Wasserlandschaft mit vielen Sandbänken, Wäldchen, dazwischen immer wieder kleine Dörfer. Gerade die Vielfalt an unterschiedlichen Lebensräumen hat die Region ökologisch so wertvoll gemacht. Das alles existiert mit großer Wahrscheinlichkeit nicht mehr.
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Mehrere Naturschutzgebiete befinden sich hier, unter anderem ein
, also ein Feuchtgebiet, das internationale Bedeutung hat, und deshalb durch die so genannte Ramsar-Konvention geschützt ist. Nach Angaben der Vogelschutzorganisation Birdlife brüten hier viele Vogelarten. Im Dnjepr-Delta haben Vogelkundler unter anderem mehr als 400 Nachtreiher-Paare gezählt; außerdem mehr als 100 Rallenreiher- und bis zu 700 Silberreiher-Paare. „In der Region gibt es auch große Seeschwalbenkolonien“, sagt Schäffer: Flussseeschwalben und Brandseeschwalben. Beide Arten brüten auf dem Boden klassischerweise auf flachen Inseln und Sandbänken. Gerade jetzt ist Brutzeit. Schäffer befürchtet, dass viele tausend Tiere von den Wassermassen einfach weggeschwemmt wurden.
Auch vielen Säugetieren, Reptilien und Insekten habe „der schnelle Anstieg des Wassers keine Chance gelassen“, schreiben die Umweltschützer der UNCG in einer ersten Einschätzung der ökologischen Folgen.
Viele Orte, an denen die Sandblindmaus (Spalax arenarius) vorgekommen ist, seien überflutet. Das unterirdisch lebende Nagetier, das auf der Roten Liste bedrohter Arten steht, kommt ausschließlich in der Ukraine vor und auch dort nur entlang des unteren Dnjepr und in der Küstenebene des Schwarzen Meers, also genau im Überschwemmungsgebiet. Auch 70 Prozent aller Standorte, an denen die seltene Birkenmaus Sicista loriger lebt, seien überflutet. Nach Einschätzung der Umweltschützer könnte das zum Aussterben der Art führen. Außerdem lägen fast alle Orte, an denen die seltene Rotrückige Drüsenameise (Liometopum microcephalum) vorgekommen sei, in den überfluteten Gebieten. Dasselbe gelte wahrscheinlich für Tapinoma kinburni, eine Ameisenart, die es nur in der Ukraine gibt.
Zudem war das Dnjepr-Delta mit seinen zahlreichen Sandbänken und Inselchen, die jetzt alle weggespült sind, für zahlreiche Zugvögel ein wichtiger Rastplatz.